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中国地质科学院2000年被科技部确定为社会公益类科研机构科技体制改革试点单位,2001年被国家定为首批启动改革的社会公益类科研机构。四年来,根据国家社会公益类科研机构分类改革的部署和要求,按照“总体规划、分步实施、分类指导、协调推进”的总体原则,积极开展工作,完成了改革方案规定的阶段性任务,实现了阶段性目标。2004年11月通过了科技部、财政部和中编办组织的联合验收,进入国家科技创新体系。