2005 年环境地质调查的总体工作思路是： 启动全国首轮地下水污染调查与评价，以城市及人口密集区和重要经济区 ( 带 ) 为重点，以区域地下水系统为单元，以浅层地下水及其环境系统为对象，系统开展无机污染和有机污染调查。为国家地下水污染防治和地下水资源保护、保障饮水安全和健康、促进人与自然和谐相处提供依据。 2005 年重点启动黄淮海平原和珠江三角洲地区。重点查明地下水污染状况，评价地下水污染程度及变化趋势，编制地下水污染防治区划，建立地下水污染预警系统，为有效实施地下水污染防治和地下水资源保护提供依据。

　　 全国主要城市环境地质问题调查评价，重点查清 330 个地级以上城市、三大城市群和巨型城市的环境地质问题及其成因，进行社会经济影响和损失评估，编制环境地质系列图件，建立数据库和评价系统，提出防治对策建议，为国土开发整治、环境地质问题与地质灾害防治，以及城市规划、建设、管理服务。 2005 年开展浙江、江西、海南、云南和四川省五省的主要城市环境地质问题调查评价。

　　 继续在大江大河流域、重要经济区带，有针对性地查明主要环境地质问题的现状、危害程度、形成原因和发展趋势，提出对策建议，为区域生态环境改善与社会经济可持续发展提供基础地质资料，为国家宏观综合决策提供科学依据。重点部署长江上游、中游，淮河流域，黄河流域，东南沿海及重要经济区。